A betegségek jellemzően a nem megfelelő életmód vagy viselkedés következményei. A tibeti orvoslás szerint a negatív okok két kategóriába – elsődleges és másodlagos okok – sorolhatók.

Az elsődleges okok a negatív vagy leépítő, pusztító érzelmi állapotokból, nézetekből erednek. Ilyenek az agresszió, a harag, az egészségtelen ragaszkodás, a túlzásba vitt vágyakozás és a tudatlanság. A másodlagos okok az olyan tartós és rendszeresen ismétlődő tényezők, mint a helytelen táplálkozás és életmód, az idő, mint tényező, tehát az évszakokból eredő különböző okok és a különböző provokációk.

Vizsgáljuk meg egy kicsit közelebbről az un. másodlagos okokat. Ebben az esetben a betegség fő oka a helytelen táplálkozás és viselkedés.

Az alkatnak megfelelő táplálkozással és életmóddal megtartható vagy visszaszerezhető az egészség egyensúlyi állapota. A viselkedéshez vagy életmódhoz kapcsolódó tényezők közé olyan szempontok tartoznak, mint az alvás mennyisége és minősége, a napi rutin, az étkezési idők, a munka, a pihenés, a mozgás, stb. Ezek mind negatív, mind pozitív módon képesek befolyásolni az egészséget. A buddhista hagyomány szerint a ’megszabadulás a saját kezünkben van’,  a tibeti gyógyászat ugyanezt a megközelítést alkalmazza az egészséggel kapcsolatban, tehát mind a tudati, mint a testi egészségünk a saját kezünkben van. Így a betegség okainak elemzésével és a kibillent állapot okai elleni cselekedetekkel visszatérhetünk a test, energia és tudat egyensúlyi állapotához.

Van egy másik lényeges másodlagos ok, ez pedig az idő, mely a környezet ritmusával és változásával, a fényviszonyokkal, az éghajlattal és annak emberre gyakorolt hatásával függ össze. Minden évszakot sajátos energetika kombinációk jellemeznek, melyek a testi energiákban, az étkezési szokásokban és a viselkedésben nyilvánulnak meg.

A tibeti gyógyászat részletesen tárgyal a másodlagos okok közül egy harmadik csoportot, amit provokációnak nevezünk. A provokáció kifejezés hagyományos értelmezése az, hogy nem-látható energialények, szellemek negatív energetikai hatása károsan befolyásolja az embereket, akár betegséget is okozva.

Az általános nézet szerint a természetet nem csak látható dolgok uralják, hanem a fizikai szemmel nem látható lények is élnek a környezetben és mivel ugyanabban a környezetben osztozunk, így hatással vagyunk egymás világára.  Ez a felfogás az ember természeti környezetéhez való viszonyára utal. Amikor nem vagyunk jó kapcsolatban a saját környezetünkkel és a körülöttünk élő lényekkel – legyenek azok emberek, állatok vagy nem látható lények -, amikor kizsákmányoljuk, kiraboljuk, pusztítjuk a természetet, akkor egyértelműen valami negatívumot hozunk létre. Egyszerű és közvetlen példa erre a levegő és a vizek szennyezése, a túlzott szén-dioxid-kibocsátással és az óceánokba, tengerekbe ömlő kőolajjal, ami ennek következtében számos, előre nem látható egészségügyi problémákat okoz. A természeti környezet ugyanúgy a energia- vagy szellemlények birodalma is, ahogy a látható élőlényeké, ezért nagyon fontos harmonikus és tiszteletteljes kapcsolatot ápolnunk a természettel.